Bij HKZ-certificatie toets een externe instelling (CI) of het kwaliteitssysteem van een instelling voldoet aan vooraf vastgestelde HKZ-normen. Deze toetsing vindt plaats door de Raad voor Accreditatie (RvA) geaccrediteerde certificatie-instelling. Dit is gebonden aan een aantal strikte regels. Om de toetsing zo objectief te laten zijn, mag de onafhankelijke certificeerder bijvoorbeeld niet tegelijk een adviserende rol vervullen. De certificatie-audit wordt altijd uitgevoerd door een lead-auditor en een materiedeskundige, die inhoudelijk goed op de hoogte is van het betreffende vakgebied. Hierdoor wordt gewaarborgd dat de toets goed wordt uitgevoerd en dat rekening gehouden wordt met de situatie van de professional binnen de organisatie.

Als uit de audit blijkt dat de organisatie aan de normen voldoet, geeft de CI een HKZ- certificaat af. Het certificaat heeft een beperkte geldigheidsduur (3 jaar) en tussentijdse toetsing is verplicht. Na drie jaar vindt her-certificatie plaats.

Op het kwaliteitsmanagementsysteem van de organisatie. Een organisatie heeft zo’n systeem nodig om kwaliteit goed te kunnen managen. Het HKZ-keurmerk maakt zichtbaar dat het kwaliteitsmanagementsysteem voldoet aan de gestelde eisen. Dit is vastgesteld door een onafhankelijke certificerende instelling.